Celé toto mistrovské dílo vzniklo na začátku 18. století v období vrcholného baroka. Nebyla to ale prvotní podoba kostela. Před barokní přestavbou se zde nacházel malý renesanční kostelíček, který roku 1631 do základů vyhořel. Žár požáru byl tak velký, že roztavil i zvony ve věži. Tehdy lidé z Jaroměřic kostel sami do 50 let opravili.
Roku 1700 se panství Jaroměřic ujímá Jan Adam z Questenberka a zahajuje přestavbu kostela s myšlenkou vytvořit nejkrásnější barokní kostel v okolí, kde by člověk mohl na chvíli spočinout a kde by se cítil dobře. Inspiraci hrabě našel při své cestě po Evropě, na které si zamiloval Francii a Versailles.
Stavbu kostela však zásadně poznamenal nedostatek financí, proto už v průběhu stavby byl hrabě nucen slevovat ze svých představ a volit levnější varianty. Kostel byl vysvěcen roku 1739 s nedostavěnou jižní věží. Úplné dokončení stavby proběhlo až roku 1782, kdy byl kostel dostavěn co nejjednodušeji.
Nejvzácnější a nejkrásnější část kostel je stropní freska o rozloze 450 m².
Autorem naší fresky je Karel František Antonín Tepper, který pracoval podle návrhu vídeňského výtvarníka Konráda Adolfa von Albrechta.
Freska má tvar elipsy a postupně prochází gradací. První patro znázorňuje čtyři evangelisty a čtyři církevní otce. Další patro fresky tvoří tambur. Alegorické postavy mezi okny představující osm Blahoslavenství vycházející z Bible.
Třetí patro fresky je vyobrazeno jako iluzivní malbou sloupů tvořící výklenky, ve kterých jsou zobrazeny postavy ctností. Freska vyobrazuje dva hlavní výjevy. Prvním je boj archanděla Michaela s drakem a druhým výjevem je apoteóza svaté Markéty.
Poté se po stranách otevíra nebe svatých mučedníků. Vrcholem fresky je Boží Oko v lucerně, které je 44 metrů vysoko. Boží oko je dílem akademického malíře Mistra Jana Knora, vzniklé při poslední opravě.
V přízemí hlavní lodi se nachází sedm oltářů – jeden hlavní a šest bočních. Z šesti bočních oltářů jsou dva výrazně větší, a to oltář Neposkvrněné Panny Marie a oltář Nejsvětější Trojice.
Ve dvou menších oltářích na obou stranách jsou relikviáře.
Ve dvou zadních oltářích najdeme ostatky svatých – ostatky sv. Jana Nepomuckého a sv. Jana Sarkandera. V předních oltářích pak jsou ostatky sv. Vincenta a sv. Reparáty
V přední časti kostela se nachází hlavní oltář společně s obětním stolem, které do kostela bylo umístěno při poslední opravě. Obětní stůl je dílo akademického sochaře Otmara Olivy.
